革职后，刘宗周继续进行学术活动，发挥“心诚”、“慎独”的学术思想，对宋明理学进行了总结，此时丞相吴应熊南渡主政，刘宗周又满怀热情来推销他的“慎独”思想，但他听吴应熊的言语，比崇祯皇帝还要求“实用”，他于是心灰意冷，站起来说：“丞相，先帝（指崇祯）之变，臣宜死；欲苟活之故，乃思烛火之躯报国也。今难以报国，乞归于山野。”
说实话，吴应熊对刘宗周还是很佩服的，他的学问虽然保守，但毕竟知行合一，历史上他效法伯夷叔齐绝食而终，私德也没什么亏欠，但是他的慎独学说，现在绝对不适合1644年的大明。
人各有所长，吴应熊知道大明现在最需要什么样的人才，刘宗周虽素负清望，但毕竟只是一位饱读诗书的学者、思想家，而不是一位运筹帷幄的政治家，不如将刘宗周从宦海漩涡之中解脱出来，让他把更多的时间投入讲学与著述之中，也算是成人之美，于是，吴应熊说：“刘大人既然要归，本丞相批准了，你就挂着左都御史官衔，饷银照发，回乡里著作讲学吧。君子慎独，于政治无益，但对个人修身来说，还是大有裨益的。”
“多谢丞相理解。”刘宗周知道吴应熊这么做，已经很给他面子了，赶紧谢恩。
这时，礼部侍郎钱谦益觉得自己受辱，也想以退为进，辞官回乡，这样还能博得个好名声，他也站起身说：“丞相既然看不上吾东林一党，钱某也就此归隐。”
“钱大人，刘大人很干净，他回乡本丞相多少觉得有点可惜。你以前犯下了滔天大罪，可没那么容易跑掉！”吴应熊厉声道。
“啊？钱某所犯何事？”钱谦益自诩为东林党的精神领袖，谦谦君子，见吴应熊这么一说，脸上严肃的神情不像开玩笑，额头上直冒冷汗！