当时，孙元化作为徐光启的学生，也来到京城，和传教士的关系不错，便入了天主教。
吴应熊知道，明朝是不排斥西学的，到崇祯九年，明朝官员士大夫入天主教者有一等大员14人，进士10人，举人11人，生员300人。崇祯十三年，明朝宫廷内及皇族宗室奉洗入教者有后妃3人，宫女50人，宦官40余人，皇族140余人。全国范围内入教的到明末估计可达四、五万人。可见，明末朝野上下已有相当浓厚的崇尚西学、西教的气氛。排斥西学，是满清二百多年闭关锁国的种下的毒瘤，至今余毒未了。
汤若望也知道，要想在中国传教成功，必须学习中国的语言文字，并尊重中国人敬天、祭祖、祀孔的礼仪习俗，而“最善之法莫若以学术收揽人心”，他对吴应熊的到来抱有极大的善意——明朝在这时候绝对是一个泱泱大国，人口过亿，教徒发展潜力巨大。
吴应熊带了明帝朱慈烺为孙元化平反的诏书，孙元化官复右佥都御史，巡抚应天十府，由其长子孙和鼎继承官位。
孙和鼎俯首在地，接了圣旨，痛哭流涕，说：“家父在天之灵，可安息了。多谢圣上。多谢吴丞相，不过，家父有遗言，孙家子孙不得为官。”
“没有让你做官，你们以后就帮我做事吧，我聘请你们当禁卫军的西洋火器顾问。大明军营是将你们父亲的学问发扬光大的好地方，将来，我们要为你们的父亲报仇，要满清鞑子血债血偿。”吴应熊说。
“家父生前教导我们忠于大明。要是能为大明驱除鞑虏，孙家后人死而后已。”孙和鼎慨然道。
“好，有你们这些忠义之人相助，大明必胜！”吴应熊道：“还有你，汤若望先生，承蒙不弃的话，继续主持京城的西洋炮厂的工作。你的工钱，不会少的。”“吴大人，我也给你准备了礼物。”汤若望给吴应熊准备了地球仪、望远镜、钟表等，这些原本都是教会拿来准备进献给皇帝的。
吴应熊愉快地接受了汤若望的礼物，问汤若望道：“根据朝廷兵部的记载，当年你们在京城炮厂造了二十门火炮，为何没有下文了？”
“生铁，吴大人懂么。因为你们的生铁不好，容易炸膛。”汤若望用生硬的中国话说。
“略懂。哦，原来大明火炮不行，是这个原因。你有办法改进么？”吴应熊点点头，问汤若望。
吴应熊知道，铁是近代工业之母，军工武器离不了，一旦生铁质量过关，这时代各种有趣的创新和发明其实都可以应用。比如想要制出近现代的弓弩出来，首要就是炼出更好的铁，弄出更好的木料。还有西洋火炮，其实明末近代意义的火炮已经成熟，可问题在于，由于炮身的铸铁工艺技术不过关，不但精度极差，射程也不如意，时不时还炸膛，有是还不如满清铁骑的射箭好用。而且明末火炮虽然有了应用，但是真正大规模的应用却没有真正铺展开。其中最大的难题，也就在于此。