柔佛海峡一战消灭了柔佛王国大部分的舰队，很快，由李北极亲率的舰队北上旧柔佛，柔佛河口宽超过了四千米，到达旧柔佛的河段，水深在四米到十一米之间，只要避开河中的沙洲，三百吨的船只可以直航旧柔佛王城，可惜的是，此地风力微弱，帆船不得逆行，只得以划桨船为主。
但是宽阔的河流航道要比热带密林中闷热的山间小路要舒适的多，在柔佛国的各个港汊，舰队遭遇了各类反击，残留的加列船，装满油脂和火药的纵火船，还有潜藏在水底的水鬼，但这一切都没有阻碍合众国军队的脚步，在付出了三百多人死亡的代价，擒杀了一千多名柔佛士兵之后，舰队抵达了柔佛王城，经历了海战和拦截，柔佛王城的守军数量下降了两千余人，用椰树桩子和泥巴构筑起来的城墙也不会带来多大的阻碍。
陆战队顶着烈日和满河的蚂蟥上岸，用燧发枪的排枪齐射打溃了出城反击的柔佛人，掩护炮兵登陆，经过火力试探，柔佛人的王城中拥有不下五十门的火炮，但多是佛郎机一类的小炮，长身管的加农炮没有几门，野战炮营的十二磅青铜炮成为了战场王者，实心炮弹在土木结合的城墙上打出了一个又一个的缺口。
进入夜晚，登陆的军队遭遇了从丛林中出来的柔佛士兵袭击，夜幕的掩护下，柔佛人展示了精湛的丛林战和夜战技巧，但合众国军有着严格的纪律，分布在营寨之外的鹿砦、壕沟以及与士兵并肩作战的猎犬给柔佛人带来了巨大的麻烦，柔佛人倚重的陆战主力——大象，在火器面前不值一提，手榴弹的爆炸让战象失去控制，冲散了柔佛人的阵列。
最终，合众国军发动了攻城战，在炮兵的掩护下，加西亚手下的葡萄牙板甲兵和后藤信诚领导的日本武士冲入了城中，攻破了这座王城，懦弱的柔佛苏丹在最后一刻选择投降，被维齐尔一刀斩杀，这位忠勇的宰相战斗到了最后，并企图用火药和大火毁坏王宫。
在旧柔佛和周边，陆军扫荡了半个月，一共抓到了四万多名俘虏，缴获了不到三十万两的白银还有一些紧俏的货物，最终，陆军撤离了这座王城，把柔佛王城焚成白地，拔掉了马来半岛上最大的反抗力量。
而在北大年行政长官区，王必达率领陆军沿着马来半岛西海岸的平原南下，攻伐吉打和霹雳，随着李明勋率领的远征舰队到来，驱散了来自巴达维亚的支援，舰队带来的陆战队在各处海岸登陆，攻击马来半岛上所有的苏丹国和城邦，把天方教徒聚集的地方清扫一空，前后用了两个月的时间，
远征舰队带来的支援让马来半岛上的合众国军数量超过了一万两千人，这还只是正规军，如果加上雇佣兵和动员的民兵，数量就超过了两万，这让合众国的攻城略地变的极为有效率，马来半岛上七个苏丹国和城邦都没有抵抗太久，其中只有彭亨苏丹选择了投降，其余或者投降太晚，或者被诛杀亦或者逃亡海外，亚奇苏丹国和巴达维亚是最主要的逃亡地。
彭亨苏丹被迫变卖财产，其一家百余口被迫依据马尼拉，其余的苏丹多没有这么好的运气了，大多被族诛。
马来半岛的苏丹国很穷，七个小国也仅仅是缴获了价值一百二十万两的白银、货物和其他贵金属，本地那泛滥的铅币和各国粗陋的铜币让收获的价值大大下降，最大的收获莫过于人口，七个小国的王城、港口和主要聚集点一共俘获了超过十六万的俘虏，这些人全部被籍为奴隶，年老者和幼年儿童被直接释放任其自生自灭，只有强壮的男人和女人才被拉上船带走。
男人大部分被发配到了槟城，那里正在建设港口和城市，槟城对面的沿海平原区也要进行提前开垦，以满足将来的大规模移民，女人则被发配往吕宋和北大年地区的种植园，那里的胡椒、油棕和咖啡种植园需要大量的人手，在槟城工作的奴隶，许多最终前往了金城，为合众国金矿的开发奉献了最后的生命。
马来半岛上七个小国中，只有吉打、霹雳和吉兰丹被留下，其余全部被焚毁，目前来说，合众国没有实力全面开拓马来半岛，只能集中资源，吉打是富庶的农业区，可以为槟城提供急需的各类资源和农产品，霹雳和吉兰丹两地都有开采成熟的锡矿，来自合众国的矿业商人和大企业早已瞄准了这以往被荷兰人垄断的产业，这两地不仅会得到开发，还会有军队入驻，为锡矿捕捉更多的奴隶作为劳力。
而马来半岛上唯一不被合众国掌握的就是马六甲城，东印度公司在得到合众国宣战的消息之后，加强了本地的防守，兵力达到了一千二百人，还增强了十余门重型火炮，大量的粮食和火药充塞在了要塞各处，而马六甲的驻留舰队则是返回了巴达维亚，摆出了一副固守待援的架势，按照以往的规律，这样的城堡会固守一两年，一直到弹尽粮绝或者东印度公司彻底落败。
一直到合众国消灭了马来半岛上所有的小国，才把注意力放在这座要塞之上，王必达亲率一支四千多人的军队从吉兰丹南下，包围了马六甲城，但其意图根本不在于攻城，而是在于破坏。
合众国军烧毁了要塞之外的所有房屋，用火炮摧毁了连接马六甲河两岸的重要桥梁，把港口拆卸一空，并