一个部队总要有它的行政管理系统，可是这个系统如果又要管行政，又要管作战，恐怕是忙不过来的。过去帅府即是行政管理的中枢，也是府军的最高指挥机构，从而形成了以军队为主体，其它机构辅助的结构，此后也不免将这种军队办社会的作风带进了各军之中。其实朝廷所属各军也好不到哪里去，都需要自己招兵买马，募集粮饷，承担起朝廷应该做的事情。
如此便形成了军队‘大而全’的局面，一个军事主官要承担着从吃、住、行到训练、管理和作战等各类工作。赵昺当初手下只有一帮残兵败将，老弱病残，力量一旦分散便无法生存，所以必须集中力量、统一调度，那也是无奈之举。但行朝迁琼后，最大的改变就是管理部门健全，职能部门得到充实，具体事务都有人管了。现在完全具备将军队的日常管理等职能剥离出去的条件。
如此今后就可以进行职能分工，突出指挥机构的作战功能；各军也能从从只注重本单位和本部门局部利益向着增强全局观念，全军和战场“一盘棋”转变；改变业已形成的军队各单位部门相对封闭式的军队建设管理，转向开放式的分工协作和各司其责；同时把过去的军队单打一、办社会，向着军民融合的社会化保障转变。军队就不必像办社会一样，什么都办，还有一些军队的设施机构、非战斗人员的部分可以精简，提高效率和战斗力……
赵昺接着便由将军队中的非职能部门剥离，转由兵部及其它相关部门管理说到了军政、军令分开。他自然清楚对上层的指挥系统进行改造，如果条件不具备时，或缺乏一定的法规制度基础、政治基础和军队管理水平达不到的情况下，盲目地走军政军令分开道路，会导致部队建设的混乱、管理的混乱和指挥的混乱，反而不利于军队的管理和作战。
但当下宋朝文人主政的制度恰与现代的国家体制暗合，如此赵昺就有机会实施贴近近现代军队的军事改革，可是采取何种形式他还是颇费了番心思。而说到这个问题他还想到一个美国人，这个人可以说对塑造美军的体系，提高其作战效率做出了很大的贡献，可少为人知的此人并非纯牌军人出身，确切的说是个商人。
此人就是原通用汽车公司老板麦克纳马拉，他担任美国国防部长之后，把美国企业的先进管理模式和成本核算方式带进了美军，使军队面貌为之大变，节约了大量经费，同时也大大提高了效率。虽然美国人对此也有诟病，有人认为，被麦克纳马拉改造之后，美军更像商业公司，不像军队，但是它确实大大推动了美军的科学管理。
在麦克纳马拉的眼中，其实军队和地方，除了产品不同，本质很相似，都是投入产出的问题，都要考虑投入产出比，最后都要讲成本和效益，在这一点上军队和企业是没有什么本质区别的。而其管理军队的思想和赵昺不谋而合，当然他是为形势所迫被动的采用管理企业的方式来统筹管理整个帅府，但时机所限他搞得并不彻底，现在却可以拿来借鉴。
赵昺知道自己进行军改无论采用何种方式首先是要保障核心指挥体制的高效，建立起科学高效的领导管理体制，在机构设置上体现军政、军令分开。一是将是部分军队的行政事务交由政府去承担，发挥朝廷和兵部的作用，由它们来负责组织实施；一是军队自身管理体制改革的事情，把部分军事指挥机构承担行政管理职能，交由另一专门机构负责。
根据战区主战、军种主建的方针，一方面是各军种和其他机构所掌握的作战指挥权向作战指挥机构转移，另一方面是作战指挥机构所掌管的军事行政职能向军种和其他机构转移。以后作战指挥机构专司作战指挥、以及大型联合军事演习的组织实施，所属各军种部队的军事训练、政治工作等则由各军种领导机构负责，由军政和军令各司其职完成对军队的管理和指挥。。
转移完成后使军政系统负责军事演练、武器研制等“务实”部分，军令系统负责战术想定等“务虚”工作。从而达到将军事训练、乡兵的管理、后勤技术保障、兵役、战争动员和战场建设从军队分离出去，连部队军官晋升福利之类的行政事务都不管，全部交由军政系统负责。使士兵训练完了回到部队，该晋升的晋升，该有福利的有福利。
进入战时，两者“虚”、“实”对调，由军令系统的将领统一指挥、动员全部力量，各军种全力配合。这种做法可以达到集中统一指挥，同时军区上层的规模可以比较小，将资源集中于作战部队，使军队可以心无旁骛的专心作战，不受其它部门、事务的牵掣……
应节严等三人听小皇帝侃侃而谈将其重塑大宋兵制的方案道了出来，连续两个时辰除了喝了几口茶润润嗓子外，连个磕喯都没打，显然是经过深思熟虑早有腹案的。而其所想如从前一样十分缜密，环环相扣，并无大的漏洞，且具有很强的可操作性，因而断定陛下是早有预谋，而非一时的心血来潮。
陛下既然今日将所想和盘托出，那么三个人也知小皇帝将他们当做心腹，这是在对他们施以暗示，以谋求对自己的支持。但陛下越是如此，他们自知越要谨慎，军制乃是国之大事，一国的根本，盲目的应承下来对陛下、对大宋都是极为不负责任的，所以仍需考虑以便查遗补缺，免生后患。因而他们只是有保留